Introducción: La incidencia de epidemias recurrentes de virus Influenza se atribuye principalmente a la elevada frecuencia de cambios mutacionales en las principales glicoproteínas de superficie. La HA es la proteína, responsable de la absorción del virus a las células y es el antígeno blanco de los anticuerpos neutralizantes. Objetivos: En la presente investigación se realizó la caracterización molecular de los virus influenza A y B en Cuba entre Abril/2011 a Agosto/2012.Métodos: Las secuencias nucleotídicas del dominio HA1 se obtuvieron directamente de 50 muestras clínicas de casos positivos. Las distancias genéticas fueron calculadas utilizando MEGAv.5.05. Los árboles filogenéticos fueron construidos usando el programa Mr.Bayes v.3.1.2. Los sitios potenciales de N-glicosilación fueron analizados utilizando el servidor NetNGlyc 1.0. Resultados: Las secuencias de los virus de influenza A y B fueron similares a la cepa vacunal A/Perth/16/2009, A/California/07/2009 y B/Brisbane/60/2008. El análisis filogenético reveló mutaciones en los virus influenza A(H3N2) en los sitios antigénicos A, D, E y C y la circulación de subgrupo 6. Para los virus influenza B se identificaron mutaciones en los lazos 190 y 120 y la circulación del linaje B/Victoria. Los virus influenza A(H1N1)pdm09 presentaron mutaciones en los sitios antigénicos Sa, Sb, CA1, Ca2, todos pertenecieron al grupo 7. El análisis de los sitios de glicosilación reveló la ganancia de un sitio en la posición K144N. Conclusiones: La caracterización molecular de estos agentes demostró la circulación en Cuba de variantes genéticas que requieren de una vigilancia sistemática con el fin de detectar cambios en el comportamiento clínico y epidemiológico de estos agentes.